北京大学首都发展研究院是北京市政府与北京大学共建的服务于首都发展的研究开发机构，是北京市与北京大学开展合作的重要渠道和首都区域创新交流的重要节点。在行政上隶属于北京大学，由北京大学管辖。理事会是研究院的最高决策机构。理事会设理事长1人，由北京市市长担任。理事会设副理事长5人，由市长指定的三名副市长以及北京大学党委书记和校长担任。
北京大学首都发展研究院应努力成为北京市政府的智囊团、思想库，成为科技界和产业界的中介，成为组织和集成北京大学知识、信息、技术、人才服务于首都经济与社会发展的管理中枢。
北京大学首都发展研究院的主要任务是：
（一）组织北京大学力量，系统的为北京市提供重大问题研究与重大决策咨询服务；
（二）组织科技界与产业界的交流与合作，促进面向首都发展需求的技术开发以及科技成果在首都的产业化；
（三）发起、组织和参与北京的国际交流与合作计划；
（四）组织北大力量，培养适合首都发展需要的各种高级人才；
（五）参加市政府主持的其他有关首都发展的工作；
自1999年3月成立以来，在市政府和北京大学的领导与支持下，依托北京大学优势，从落实市委、市政府建立政府-学术机构-企业良性互动的首都区域创新系统的高度出发，在自身能力建设的同时，紧密围绕首都发展中的重大需求，特别是北京申办和举办2008年奥运会、北京248重大创新工程和首都可持续发展等方面，开展了相关决策咨询和中介服务工作，并取得了显著成效。