以下是东南大学各学院2013年硕士招生参考书目：
| 数学系 | 建筑学院 | 机械工程学院 | 能源与环境学院 |
| 电子科学与工程学院 | 土木工程学院 | 集成电路学院 | 信息科学与工程学院 |
| 自动化学院 | 计算机科学与工程学院 | 物理系 | 生物科学与医学工程学院 |
| 材料科学与工程学院 | 经济管理学院 | 电气工程学院 | 外国语学院 |
| 体育系 | 化学化工学院 | 交通学院 | 仪器科学与工程学院 |
| 法学院 | 生命科学研究院 | 公共卫生学院 | 医学院 |
| 马克思主义学院 | 人文学院 | 艺术学院 | 苏州联合研究生院 |
| 软件学院(苏州) | 继续教育学院 | 学习科学中心 | 情报科学技术研究所 |
| 建筑研究所 | 高等教育研究所 |