100701药物化学（001化学制药部、009上海市抗感染药物重点实验室010化学制药新技术中心、006生物制药部）
《有机化学》：王积涛主编，南开大学出版社，2003第二版
《基础有机化学》（上、下）：邢其毅、裴伟伟、徐瑞秋、裴坚主编。“十五”国家级规划教材高等教育出版社，2005年6月第三版
《药物化学》：尤启东主编，化学工业出版社，2004第一版
《高等药物化学》周伟澄主编化学工业出版社2006年第一版
《分析化学》，孙毓庆，胡育筑主编，科学出版社，2006年第二版
《有机化合物光谱解析学》：姚新生主编，人民卫生出版社
100702药剂学（003药物制剂国家工程研究中心、011上海呼吸系统药物工程技术研究中心）：
《分析化学》：李发美主编，人民卫生出版社，第五版
《物理化学》：候新朴主编，高等医学院校药学类教材，人民卫生出版社
《物理化学简明教程》：印永嘉等编，高等教育出版社
《药剂学》：崔福德主编，人民卫生出版社,2003年第五版
《生物药剂学与药物动力学》：梁文权主编，人民卫生出版社,2004年第二版
100703生药学（004中药研究部）：
《天然药物化学》：吴立军主编，人民卫生出版社，第五版
《分析化学》：李发美主编，人民卫生出版社，第六版
《有机化合物结构鉴定与有机波谱学》：宁永城，科学出版社，2004年第二版
100704药物分析学（005分析测试中心）：
《基础有机化学》（上、下）：邢其毅、裴伟伟、徐瑞秋、裴坚主编。“十五”国家级规划教材高等教育出版社，2005年6月第三版
《分析化学》，孙毓庆，胡育筑主编，科学出版社，2006年第二版
100705微生物与生化药学（006生物制药部）：
《微生物学》：沈萍主编，高等教育出版社，2000年7月第一版
《生物化学》：王镜岩、朱圣庚等编，高等教育出版社，2002年7月第三版
100706药理学（007药理室、008国家药物安全评价中心）：
《生物化学》：查锡良主编，全国高等学校教材，供基础、临床、预防、口腔医学类专业用，人民卫生出版社，第7版
《药理学》：杨宝峰主编，全国高等学校教材，供基础、临床、预防、口腔医学类专业用，人民卫生出版社，第7版
《毒理学基础》：王心如主编，人民卫生出版社第五版
081703物化工（006生物制药部）
《微生物学》：沈萍主编，高等教育出版社，2000年7月第一版
《生物化学》：王镜岩、朱圣庚等编，高等教育出版社，2002年7月第三版