| 研究生类别 | 所系代码 | 招生专业目录 | 国家计划 (参照2011下达数) | 拟增招 (不确定) | 招生规模合计 | 备注 |
| 学术型研究生 | 101 | 生物化学与细胞生物学研究所 | 66 | 2 | 68 | 硕博连读生 |
| 102 | 植物生理生态研究所 | 51 | 14 | 65 | 硕博连读生 | |
| 103 | 神经科学研究所 | 34 | 1 | 35 | 硕博连读生 | |
| 106 | 健康科学研究所 | 30 | 7 | 37 | 硕博连读生 | |
| 107 | 营养科学研究所 | 28 | 7 | 35 | 硕博连读生 | |
| 108 | 上海巴斯德研究所 | 11 | 13 | 24 | 硕博连读生 | |
| 109 | 计算生物学伙伴研究所 | 15 | 1 | 16 | 硕博连读生 | |
| 110 | 系统生物学重点实验室 | 3 | 5 | 8 | 硕博连读生 | |
| 80100 | 合计 | 238 | 51 | 288 | ||
| 专业型研究生 | 112 | 专业学位（上海生命科学研究院） | 22 | 15 | 37 | 工程硕士 |
| 108 | 专业学位（上海巴斯德研究所） | 5 | 3 | |||