研究所的前身为中国科学院长沙农业现代化研究所，是中国科学院专门从事亚热带生态环境与区域农业研究的国立研究机构,研究所系“第三世界科学院-联合国教科文组织（TWAS-UNESCO）准会员计划”优秀研究中心成员。
研究所主要研究方向为：农业生态系统格局与过程调控、畜牧健康养殖与农牧系统调控技术、作物耐逆境分子生态学机理及其品种选育。包括亚热带区域农业生态系统格局与发展模式、农业生态系统物质循环调控，作物耐逆境的分子生态学机理、耐逆境杂种优势利用与品种选育、集约型养猪业产品健康与环境安全，亚热带农牧系统草食畜牧业健康养殖等创新研究内容。根据主要研究方向设置了三个研究中心，拥有院省共建的农业生态工程重点实验室。分别在湖南桃源、广西环江和湖南岳阳部署了3个生态试验站，其中，桃源农业生态试验站和环江卡斯特生态试验站为国家级台站，洞庭湖湿地生态试验站为新建的所级台站。
研究所为硕士研究生提供600元/月的助学金，为博士研究生提供1000元/月的助学金，并为每位在读研究生提供200元/月的研究助理津贴（第二学年起）；对研究生还提供中国科学院奖学金（1/4的学生可择优享受450元/月的奖学金）；招收的研究生均为中国科学院公费。研究所导师队伍强大，课题经费充足，科研设施完善，工作条件优越，研究生公寓条件舒适。从2009年起，研究生招生统一在北京招生，统一由北京下达招生计划，学生入学户口统一落户北京，但仍在本所集中培养。
招生专业：生态学（博士和硕士点）、动物营养与饲料科学（硕士点）