1．历史沿革
昌吉学院化学与应用化学系的前身，是始建于1959年的昌吉师范学校理化教研室。1972年成立了化学教研室，并首次开办了化学专业中师班。1981年首次开办了化学教师进修大专班，1984年首次开办了化学教育专科班。1985年昌吉师范学校升格为昌吉师范专科学校，成立化学系。2002年昌吉师范专科学校升格为昌吉学院，化学系更名为化学工程系，2008年更名为化学与应用化学系。
昌吉学院化学工程系具有良好的办学条件，是昌吉学院首批重点建设学科。现有实验室面积650平方米，可容纳300-400名学生同时实验。资料室藏书5400余册，各类专业期刊50多种。由日元贷款和学院划拨实验仪器设备费约300万元。现已开设专科层次化学教育、应用化学、工业分析、环境监测与保护等专业；本科层次化学教育、应用化学等专业。2003年设立化学分析职业资格鉴定站。
化学工程系师资力量雄厚，教学和科研水平位居学院前列。化学系现有教师及实验是工作人员19名，其中，具有副教授和高级实验师职称14人，具有硕士学历的教师5人。除能够承担相应专业的教学任务外，化学工程系还在化学不同领域取得了丰硕的科研成果，在国内外学术刊物上发表科研和教学论文100余篇，出版教材2部。
昌吉学院化学工程系治学严谨，办学效益显著。根据我系毕业生追踪调查结果，昌吉学院化学工程系毕业生在各个不同行业中均表现出较强的业务能力，其中相当一批毕业生已成为行业中的业务骨干
2．行政、党务管理
| 职务 | 姓名 | 办公电话 |
| 系主任 | 赵秀峰 | |
| 副书记 | 王力虹 | |
| 副系主任 | 张宏喜 | |
| 办公室主任 | 张立忠 | |
| 系秘书 | 李楠 | |
| 辅导员 | 高广仿 | |
| 系工会 | 巴哈提 |
3．机构设置
| 机构 | 负责人 | 办公电话 |
| 化学教研室 | 教研室主任：魏婷 | |
| 应用化学教研室 | 教研室主任：李学琴 | |
| 实验教学中心 | 实验教学中心主任：孟宪锋 | |
| 环境科学研究所 | 研究所所长：刘玉燕 | |
| 资料室 | 资料员：苗君 |
4．专业设置
| 专科专业 | 本科专业 | 硕士专业 |
| 化学教育 | 化学 | 化学工程（专业硕士） |
| 应用化工技术 | 应用化学 | |
| 工业分析与检验 | 化学工程与工艺 | |
| 境监测与治理 |