为深入学习贯彻落实党的十七大精神和2008年高校思想政治理论课工作会议精神，全面推进教育事业科学发展，充分发挥思想政治理论作为大学生思想政治教育主渠道的作用，切实加强思想政治理论课教师队伍建设，2008年11月经党委研究决定，成立由直属学校党委领导的马克思主义学院。
2009年1月12日马克思主义学院举行了挂牌仪式。马克思主义学院下设马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、中国近现代史基本问题、思想政治教育、新疆历史与民族宗教理论政策5个教研室，既是思想政治理论课教学部门和马克思主义理论研究机构，又是马克思主义理论学科点的依托单位。我院现设三个研究生专业：马克思主义中国化研究、思想政治教育、马克思主义基本原理。我校新成立的马克思主义学院在自治区高校尚属首家，马克思主义学院的成立，将进一步强化马克思主义在高校的指导地位及其主流价值，是我校进一步加强和改进大学生思想政治教育工作，规范思想政治理论课教师队伍建设，加快学校马克思主义理论研究和建设工程的一项重要举措。
马克思主义理论一级学科，设置于“法学”门类内，下设六个二级学科，即：马克思主义基本原理、马克思主义发展史、马克思主义中国化研究、国外马克思主义研究、思想政治教育、中国近现代史基本问题研究。马克思主义理论学科及其所属二级学科的方向设计，既要区别于原来的马克思主义理论与思想政治教育学科，也要区别于马克思主义哲学、政治经济学、科学社会主义等相关学科。为此，根据我院实际，我们确立了三个二级学科的研究方向及特色。1、马克思主义基本原理：兼具马克思主义基本原理研究和相关教育实践研究。其主要特色为：（1）马克思主义基本原理研究。（2）马克思主义理论教育规律与方法研究。2、马克思主义中国化研究：兼具马克思主义中国化理论研究和相关教育研究两部分内容，其主要特色是：（1）中国化马克思主义理论与发展研究。（2）中国化马克思主义理论教育研究。3、思想政治教育：（1）少数民族地区思想政治教育规律与方法研究（2）少数民族地区思想政治教育理论与实践研究。