新疆农业大学化学工程学院的前身是1952年成立的原八一农学院土壤农业化学教研室。1979年土壤农业化学教研室之基础化学部分并入新疆八一农学院基础部，成立了基础部化学教研室；1995年4月更名为新疆农业大学基础部化学教研室；2003年4月在新疆农业大学基础部化学教研室和新疆农业大学实验中心的基础上成立新疆农业大学化学工程学院。
化学工程学院现下设基础化学系、应用化学系和一个隶属校院两级管理的化学实验中心（化学实验教学管理中心）以及教学办公室、教学评估办公室、行政办公室、学生工作办公室、资料室。学院现有教职工32人。专任教师26人，其中高级职称12人（教授2人，副教授10人）。教师中博士3人，在读博士2人；硕士7人，在读硕士5人。学院现有800元以上仪器设备超过500台（件），总值500余万元。
学校2006年新建成了生物实验大楼，其中化学实验中心的使用面积为1440平方米，配置了先进的纯水、通风、网络等实验和教学设施。学院现有液相色谱、气相色谱、荧光色谱、紫外可见光谱、原子吸收、红外光谱、薄层扫描等大型测试仪器，并建成化工仿真室和化工原理成套实验装置。学院与新疆区内相关企业已建成5个校外教学实习基地（中石化乌鲁木齐分公司、新疆化工设计研究院、新疆中泰化学股份有限公司、独山子石化公司、乌鲁木齐双友化工有限公司）。