食品科学与药学学院是在食品科学与工程学院和药学院的基础上于2010年合并成立，原食品科学与工程学院是在创办于1990年的农产品贮藏与加工专业基础上逐渐发展起来的；2002年7月成立药学系，9月招收第一批药学专业高职专科学生，2003年，经国家教育部批准，新疆农业大学成立药学院，开始招收药学专业本科学生。
目前本学院拥有3个本科专业，4个硕士授权点，其中“食品科学与工程”为一级硕士学位授权点，拥有“食品科学与工程”自治区紧缺人才专业建设项以及“食品科学”自治区重点学科建设项目。
自招生以来共培养本科生2400多人，其中民族生比例为45%，为自治区科研与院所及企业输送了大批人才。1992年食品科学专业开始招收研究生，我院共培养硕士研究生263余人，研究生在核心期刊上发表科研论文300余篇，校级优秀论文35篇，自治区优秀论文4篇，在第十一届“挑战杯”全国大学生课外学术科研作品竞赛世博会专项竞赛中，我院有1人获得三等奖。
目前学院有全日制本科学生25个班级1000余人，硕士研究生93人。