中医医疗系是在1978年建院时所设中医学本科专业基础上，于1985年6月正式建系的，它见证了甘肃中医学院的发展历程及辉煌成就。
目前，我系设有中医医疗（五年制本科）和中医学骨伤方向（五年制本科）两个专业。有中医内科、外科、妇科、儿科、五官科、中医临床基础和中医骨伤基础、骨伤临床等8个教研室。其中6个学科为硕士研究生培养点，中医骨伤科学与中医儿科学是省级重点学科，《中医内科学》《中医骨伤基础科学》《伤寒论》为省级精品课程。
中医医疗系师资力量雄厚，教学设备齐全，承担着本系及全院各专业、各层次共计20余门中医临床各科课程的教学任务与临床实践指导任务，实行教学与临床一体化的工作模式。现有教师58人，其中教授11人、副教授9人、讲师14人、助教24人。在教师中具有博士学历者3人、硕士学历者33人，具有硕士生导师资格者21人。有全国著名中医药学专家张士卿、宋贵杰、吴立文、李金田等学术带头人。近年来全系在教学、科研、医疗诸方面均取得了丰硕成果，为学院赢得良好的声誉。
中医医疗系现有学生719人，每年计划招生约180人。作为学院规模较大、历史最长的一个系，已为社会培养、输送中医药人才4000多人。面对高校发展的良好机遇，本着加强学科建设、提高学术水平、积极推动教学改革和建设、努力提高人才培养质量的宗旨，我系将迎来新的辉煌。