中国科学院昆明动物研究所成立于1959年4月，其前身为昆虫研究所紫胶站。1963年曾改名为中国科学院西南动物研究所，1970年划归云南省后，改名为云南省动物研究所，1978年重归中国科学院，恢复原所名。
现状
全所现有职工207人，中科院院士1人。其中科技人员166人，研究员15人，副研究员、高级工程师37人，中级科技人员65人，设有1个博士和3个硕士的学位授予点。现有博士研究生70人，硕士研究生77人。1996年被批准建立博士后工作站。
现设立了系统动物学研究室、遗传与进化研究室、灵长类生物学研究室、动物毒素研究室、保护生物学中心、中国科学院典型培养物保藏委员会昆明细胞库等6个研究机构，有中国科学院“细胞与分子进化研究重点实验室”1个、中国科学院与云南省共建的“动物生殖生物学重点实验室”和“畜禽分子生物学重点实验室”2个，中国科学院-马普青年科学家小组2个。动物标本馆珍藏各类动物标本56万号，模式标本300余种，与世界13个国家和地区建立了标本交换关系，是我国西南地区最大的动物标本馆。2003年，在此基础上，院省共建的昆明动物博物馆的建设已基本完工。在研究所原址扩建的灵长类实验动物中心是中科院3大实验动物中心之一；2003年为承担国家“SARS”攻关任务而紧急改扩建的P3级生物安全实验室，是科技部认证的我院唯一可作大动物感染模型的生物安全实验室。图书情报信息网络中心有中、外文科技藏书3.6万册，中外文科技期刊15.3万册。有激光共聚焦显微镜、流式细胞仪、蛋白纯化系统、定量PCR检测系统等先进的仪器装置。
知识创新以来，研究所共承担各类科研项目299项，其中国家级项目74项，中国科学院项目88项，地方项目68项，国际合作项目14项，企业委托36项，其他项目19项。共发表各类科技文章604篇，SCI收录刊物上发表研究论文319篇；出版著作30部；申请并受理专利52项，获权17项。获奖成果20余项，其中4项成果荣获省部级一等奖。
目标
在中科院知识创新工程全面推进阶段的总目标是“建立国内不可替代的学科优势，形成特色，力争经过5-10年的努力，成为世界公认的著名高水平研究机构之一”。主要研究领域和学科发展方向：围绕进化生物学、资源动物学和保护生物学为优势学科方向，开展热带、亚热带动物资源的保护、可持续利用和生物学基础研究，以功能分子生物学为基础，将创新重点放在动物的系统演化和模式动物比较基因组学、功能基因组、胚胎的发育分化，认知行为的脑机制和物种濒危机制，人类健康与疾病的动物模型建立等基础理论和应用的发现及创新上，并在动物天然药物的研发、生物技术在大农业生产中的应用等方面有所突破，为社会进步和经济发展做出贡献。
学科定位
立足西南──我国动物资源最丰富、最独特和最复杂的东喜马拉雅、东亚和东南亚大陆交汇地带的区域势，结合中科院建立“西南生物资源和生物多样性研究基地”的战略布局和自身的特色，发挥多学科综合优势，以进化生物学、资源与保护生物学为主攻方向，探讨生物的进化、资源的可持续利用、环境保护、健康与疾病等与人类的生存和发展紧密相关的重大问题，促进国家和地方经济发展，从动物学微观领域和宏观领域多学科和多层次(分子—细胞—个体—群体)的相互交叉渗透，与西南地区其他生物学研究所的优势学科互补，共同形成我国生物资源和生物多样性研究基地。
区域特色
云南省位于我国西南边陲(北纬21°08'-29°08'，东经97°31'-106°12')，全省地势西北高而东南低，有著名的横断山脉—高黎贡山、怒山、云岭三大山系呈南北走向，山间又有怒江、澜沧江和金沙江以及滇池、抚仙湖、阳宗海、洱海等湖泊组成的高原水系，是世界十大生物多样性热点地区之一──东喜马拉雅地区东、南亚大陆和东亚的交汇地带的重要组成部分。云南以山高谷深、江河纵横、湖泊众多、气候多样而闻名于世，，使云南气候呈现出巨大的垂直差异和水平差异而分为热带、亚热带、温带和寒带等；复杂的地形和地貌使得其气候在水平和垂直上均有变化，形成了多种多样的生态系统，复杂的自然环境为野生动、植物提供了多种多样的生活条件和生存空间，至今已记录有脊椎动物1798种，包括432种淡水鱼类，112种两栖类，152种爬行类，802种鸟类，300种哺乳类，占全国种类的一半以上。因而以“动物王国”而享誉世界。丰富的动物资源(表1)加上独特的少数民族文化多样性，使这一地区成为开展动物学基础研究和资源保护、可持续利用等工作的宝地，为国内外学者所瞩目。