基础医学院是云南中医学院下属的二级教学科研单位。现有教职工88人，兼职教师20人，其中正高6人，副高26人，中职27人，初职40人；硕士生导师22人。具有硕博士学位43人； 省级教学名师1人；省级重点学科学术带头人2人，学科带头人3人；省师德先进个人1人 ；省高校教学科研带头人2人；校级重点学科学术带头人2人， 校级学科带头人3人；校级骨干教师 18人，校级教学名师3人。
基础医学院有13个教研室、6个实验室，承担中医 、药学、中西医结合、护理、公共卫生事业管理等专业的中西医专业基础课程教学；同时承担中医美容专业建设任务；有中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中医诊断学、民族医学、中西医结合基础7个硕士学位授权点；中医药分子生物学实验室和民族医药现代研究重点实验室2个云南省高校重点实验室。
中医基础理论学科为省级“十五”重点学科；中西医结合基础和民族医学2个学科为省级“十一五”重点建设学科；中医诊断学、中西医结合基础和民族医学3个学科为校级重点学科；中医基础理论、方剂学和中医诊断学3门课程为省级精品课程；人体解剖学等10门课程为校级重点课程。有1个云南省创新人才培养基地——医药与生物技术创新人才培养基地；医学微生态研究所、艾滋病防治研究所、中医美容研究所与云南天然美容护肤品研究所等4个研究所和1个民族医药研究开发中心。
基础医学院承担有国家科技攻关项目重大课题、国家中医药管理局科研基金项目、云南省科技计划项目、云南省自然科学基金项目及教育厅、卫生厅科研基金项目40余项 ，发表学术论文300余篇 ，获云南省政府科技进步三等奖1项；中华中医药学会科学技术奖（著作）优秀奖1项，云南省高校教学成果奖二等奖3项；获 “云南省卫生科技成果三等奖” 2项。
近年来，基础医学院教师作为主编、副主编、编委等参编全国统编教材71部；参编教学参考书9部；自编全院性选修课教材30部。 教研室教师荣获云南省德育工作先进集体1项； 省级讲课比赛一等奖及校级讲课比赛各级奖20人次；获云南中医学院首届“十佳青年教师”3人；云南中医学院首届“十佳青年岗位能手”1人；伍达观奖教金杰出奖10人次。