昆明医学院神经科学研究所是为适应 21 世纪神经科学发展的要求而成立的一个较为系统、可开展从形态到分子生物学系列研究，重点支持神经科学基础和临床研究及相关学科发展的研究基地。是云南省医学神经科学领域的龙头学科和我省唯一的神经生物学硕士点、神经外科学博士点基地。
研究所现有 1000 平方米 实验室， 11 名工作人员其中教授 3 人，副教授 1 人，研究生导师 3 人。下设组织化学、细胞培养和分子生物学三个公共实验平台和肿瘤、脑（脊髓）损伤、老年病、发育神经生物学、干细胞五个研究室。目前已培养研究生 80 人，出版学术专著及教材 23 部。
五年来，获国家自然科学基金 7 项、云南省自然科学基金 12 项，教育部新世纪人才支持计划 1 项，教育部中英国际合作项目 4 项，云南省教委基金 12 项。获科技进步三等奖 3 项、获云南省政府青年科技 “红河”奖 1 项。在国际 Neuroscience 、 JBC 等核心 SCI 杂志及国内核心期刊发表论文 168 篇。此外，与美国、澳大利亚、新加坡、英国等建立了合作关系，五年科研经费 330 多万元。承担研究生《干细胞理论及技术》和《神经生物学》两门主干课程，并有外籍专家讲授专业课程。神经科学研究所作为学院的科研窗口，正在努力建设成为国际水平的实验室。