土壤学硕士学位授权点于2004年获准招收土壤学专业研究生。经过5年的发展，已建立起一支业务素质高，科研能力强的导师队伍。土壤学硕士点现有硕士生导师6人，其中教授4人，副教授2人，3人具有博士学位。目前已有22人毕业，在读硕士研究生24人。
土壤学现已发展成为支撑云南省农业产业的重要应用基础及应用学科，土壤学硕士点教师依托资源与环境学院土壤学实验室、云南省环境科学与工程创新人才联合培养基地、校农科基础实验教学中心等开展教学与科研工作。多年来，土壤学硕士点教师结合云南实际，在坡耕地水土保持技术与农业可持续发展，土壤物质循环与面源污染控制，土壤肥力与作物生产，重金属污染土壤的修复、设施农业土壤改良、土壤微生物生态、土壤分类与评价、土地规划与管理等方面做了大量的研究工作，为云南经济社会发展培养了大批土壤学专门人才。累计获省部级科技进步奖励12项，在国内核心期刊上发表学术论文200余篇，主编和参编教材（专著）9部，目前承担的科研项目包括国际合作、国家863项目、国家自然科学基金项目、教育部重点项目、云南省自然科学基金重点及面上项目、教育厅基金项目共20余项，在研经费300多万元。
土壤学硕士点目前的招生方向有7个，分别为
（1）污染土壤修复；
（2）土壤肥力与作物生长；
（3）土壤分类与评价；
（4）设施农业土壤改良；
（5）土壤微生物生态；“
（6）土壤物质循环与面源污染控制；
（7）土地规划与管理。