思想政治理论教研部是直属学校领导的二级教学和管理机构，又是学校马克思主义理论学科点的依托单位。其前身为云南农业大学马列主义教研室，1991年改建为社会科学部，1993年更名为人文社会科学部，2001年成立人文社会科学学院，2011年4月独立设置。
思想政治理论教研部主管全校本科生、硕士研究生和博士研究生思想政治理论课的改革与建设。面向本科层次开设公共课《马克思主义基本原理》、《中国近现代史纲要》、《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》、《思想道德修养与法律基础》、《形势与政策教育》、《“三生”教育》及相关选修课程。面向硕士研究生、博士研究生开设公共课《自然辩证法》、《中国特色社会主义理论与实践研究》、《中国马克思主义与当代》。
思想政治理论教研部下设6个教研室、2个研究所（中心）、3个办事服务机构。6个教研室：马克思主义基本原理教研室、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研室、中国近现代史纲要教研室、思想道德修养与法律基础教研室、形势与政策教育教研室、“三生”教育教研室。2个研究所（中心）：科学技术史研究所、马克思主义与“三农”问题研究中心。3个办事服务机构：党群办公室、综合办公室、学位与研究生教育办公室。
思想政治理论教研部现有在职教职工29人，其中教授2人，副教授14人，讲师12人。博士、硕士以上学历人数占专职教师总数的78%。另外拥有10余人组成的兼职教师队伍。
思想政治理论教研部设有马克思主义基本原理、西南少数民族科学技术史、西南地方农业科学技术史3个硕士学位授权点，在读硕士研究生100余人。同时，招生挂靠在设施农业领域的新农村建设方向的在职农业推广专业硕士。
思想政治理论教研部办公地点设在云南农业大学东校区综合楼四楼。