机械工程及自动化系是于1998年在原机械制造工艺及设备、机械电子工程、机械制造及自动化、机械设计及制造、材料加工工程、矿山机械、冶金机械等本科专业的基础上，按工学机械类学科设置成为机械工程及自动化专业，现为云南省首批省级重点建设专业。
目前有教师61人，其中教授13人，副教授25人，博士10人。下设机械制造教研室、机械电子工程教研室、机械设计教研室、材料成型教研室。具有材料加工工程、机械设计及理论两个博士学位授予点，机械设计及理论、机械制造及自动化、机械电子工程、材料加工工程4个工学硕士学位授予点和机械工程工程硕士学位授予点。每年本科招生420人，招收工学硕士150人、工程硕士50人左右。本科设置有材料与表面工程、材料加工工程、先进制造技术、计算机辅助设计与制造、模具设计与制造、虚拟制造、流体传动与控制、机电系统设计与制造等8个模块方向。