1958年11月13日建所，名称为中国科学院四川分院农业生物研究所；
1962年9月，更名为中国科学院西南生物研究所；
1970年12月，更名为四川省生物研究所，从中国科学院划归四川省领导；
1978年9月，更名为中国科学院成都生物研究所，实行由中国科学院为主、四川省为辅的双重领导；
1999年6月，生物所进入中国科学院知识创新工程试点，是首批进入创新试点的单位之一。
20世纪九十年代初生物所综合大楼