山地表生过程与生态调控重点实验室是山地所在环境领域的主要研究机构，其学科定位在揭示以水分－土壤－养分迁移为主体的坡地环境变化过程与生态调控机理，重点研究与山地环境演变相关的三大科学问题：西南山区多因子作用下的土壤侵蚀及水土保持机理，长江上游坡耕地的生物地球化学循环过程，西南典型山地森林自然演替过程与生态水文效应。
山地表生过程与生态调控重点实验室包括四个研究单元：山地水文与生态研究室、水土保持研究室、土壤与环境研究室、西藏生态环境与发展研究室。并且拥有两个国家重点野外台站（贡嘎山高山生态系统观测试验站、盐亭紫色土农业生态试验站），以及三峡库区忠县环境观测站。