学校研究生教育始于1979年，是我国体育院校中开展研究生教育最早的院校之一；1984年首批获得硕士学位授予权；1985年获得推荐免试研究生资格，是全国体育学院中为数不多具此资格的院校之一；2000年获同等学力申请硕士学位授予权；2005年成为全国首批体育硕士专业学位研究生培养单位；现有体育学一级学科硕士学位授予权，涵盖体育人文社会学、运动人体科学、体育教育训练学和民族传统体育学4个硕士点，有运动医学、中西医结合临床2个医学硕士点和1个新闻学硕士点，跨教育学、医学、文学三个学科门类共7个硕士点。学校从1992年开始与上海体育学院联合培养体育人文社会学博士生；2003年起与北京体育大学联合培养体育人文社会学、运动人体科学博士；2008年与四川大学联合培养管理科学博士研究生、与成都中医药大学联合培养中医诊断学博士研究生。迄今，学校已招收硕士研究生32届，1688人，授位26届，873人；联合培养博士研究生22人，其中，已获得博士学位12人。2009年，我院被国务院学位办批准为博士点建设单位。
“十五”以来，学校在学科建设上成效卓著。拥有3个四川省重点学科重点建设项目、5个四川省重点学科、4个国家体育总局重点学科。“体育社会科学研究中心”为国家体育总局体育社会科学重点研究基地和四川省哲学社会科学重点研究基地。运动医学实验室被评为国家体育总局重点实验室与四川省重点实验室。
开展研究生教育30年来，培养并造就了一批有影响、高水平的专家学者。在导师队伍中有原国务院学位委员会学科评议组成员2人（其中一人为体育学组召集人）、四川省学术和技术带头人6人，享受国务院政府特殊津贴专家13人，全国高等学校体育教学指导委员会委员、全国体育硕士专业学位教育指导委员会委员2人，四川省有突出贡献优秀专家6人，四川省专家评审委员会评委4人，四川省中医药管理局学术和技术带头人2人，国家体育总局中青年学术带头人以及四川省学术和技术带头人后备人选25人。
近五年来学校加快了学科建设与研究生教育的发展，制定了学科发展“十一五”规划，明确提出以学科建设为核心，大力推进学科建设，完善专业学科结构体系，保持和发展“体育人文社会学”、“体育教育训练学”、“运动人体科学”三个优势学科，使学科特色更加鲜明，水平优势更加突出，学术队伍更具有活力，学术水平有较大提升，力争使能代表学校办学水平与特色的学科达到国内一流水平的发展目标，为实现把我校建成高水平，有特色的高等体育学府奠定坚实的基础。