西南交通大学自动化专业创建于70年代末，1978年进行本科招生，开办自动控制专业，该专业在新颁布的专业目录中为自动化专业，2003年开设交通信息工程与控制专业(方向)。我校的交通信息工程及控制学科属于国家级重点学科，具有博士学位授予权，控制科学与工程一级学科和控制理论与控制工程二级学科均为省级重点学科，自动化专业具有控制理论与控制工程硕士点和工程硕士点（控制工程）。
自动化系现有2个本科专业和方向：自动化、交通信息工程及控制，自动化（含交通信息工程及控制）为四川省品牌特色专业。全系现有教师16人，其中教授5名，副教授4名，高级工程师1名。自动化系下设自动化专业实验室，交通信息与控制工程实验室，并具有西南交通大学综合自动化实验中心，西南交通大学—GE联合共建实验室，承担着科学研究、科研项目、基础型、综合设计型和个性化实验教学，以及各类国际国内大赛、实习和实训基地任务。
自动化系培养的毕业生以其扎实的专业知识，良好的专业技能和综合素质，创新精神和实践能力，多次在各类大赛中获奖（如2009年第34届ACM国际大学生程序设计竞赛亚洲区预选赛在哈尔滨工业大学举行，自动化专业的学生获得全国金牌；2006年，自动化专业的学生参加“2006英特尔杯大学生电子设计竞赛”，获得“嵌入式专题”全国总排名第一的好成绩）并深受用人单位的欢迎。近年来，毕业生就业率高，近半学生在国有企事业单位就职。在本专业培养的毕业生中，以波导总裁徐立华、西昌卫星发射基地首席指挥员李本琪为代表的一批精英走上教学、科研及企业高层次领导岗位，成为学子们学习的典范，也是本专业人才培养质量高的集中体现。