2007年，学校对实验教学及实验室管理模式进行改革，成立实验教学管理中心。实验教学管理中心为隶属于学校的二级教学单位，直属分管校长领导，并按属地管理的原则接受缙云校区管委会的指导和协调。实验教学管理中心实行主任责任制，统一管理所属人员、经费、场所、设施和设备的建设和运转。
实验教学管理中心的建设及管理目标是为学校的实验教学及改革搭建四个支撑平台：一是布局配置合理、安全环保、人性化的空间平台；二是资源有效调配和共享、科学规范的管理运行平台；三是资源信息共享、高效运行的数字化信息平台；四是有效激励、合作创新的实验教学队伍发展平台。
实验教学管理中心现有79人，其中：管理人员6人，专职实验教师8人，实验技术人员及工人65人。中心所属实验室分布于我校缙云校区构想楼和求实楼，下设6个实验教学中心：基础医学实验教学中心、药学实验教学中心、临床检验诊断学实验教学中心、公共卫生实验教学中心、中医药实验教学中心和数字语言实验教学中心，以及3个其它实验室：检体诊断学实验室，生物医学工程实验室，护理基础实验室，总共17类151间学生实验室，实验室总建筑面积为33748 m2。实验教学管理中心每年承担50多门实验课程的组织安排和实验技术准备工作。
实验教学管理中心将以相关学科为依托，与相关院系一起按照教育部高等学校实验教学示范中心的建设标准对所属教学中心进行规划、建设及管理，力争在实验教学管理与运行机制、实验课程体系与教学改革、实验师资队伍建设等方面有所突破并形成特色，为提高我校整体教育教学质量与水平，培养高素质、创新性人才奠定坚实的基础。
实验教学管理中心实验室情况表
| 实验教学中心名称 | 实验室名称 | 承担的主要实验教学任务 | 实验室位置 | 备注 |
| 基础医学实验教学中心 | 人体大体形态学实验室 | 系统解剖学、局部解剖学、断层解剖学、口腔解剖学等实验课程 | 求实楼A栋一楼 求实楼A栋二楼 | 国家级 实验教学示范中心 |
| 人体显微形态学实验室 | 组织胚胎学、病理学、细胞生物学、遗传学、生物学等实验课程 | 构想楼A栋二楼 构想楼B栋二楼 | ||
| 人体机能学实验室 | 生理学、病理生理学、药理学等实验课程 | 求实楼B栋一楼 | ||
| 病原生物学及免疫学实验室 | 病原生物学、医学免疫学、临床微生物学、临床免疫学等实验课程 | 求实楼B栋四楼 | ||
| 生物化学与分子生物学实验室 | 生物化学、分子生物学、临床生化等实验课程 | 求实楼B栋三楼 | ||
| 药学实验教学中心 | 化学实验室 | 化学类实验课程 | 求实楼A栋三楼 | 重庆市 实验教学示范中心 |
| 药学实验室 | 药学类实验课程 | 求实楼A栋四楼 | ||
| 临床检验诊断学实验教学中心 | 临床检验诊断学实验室 | 实验诊断学、临床分析化学、临床血液学、临床检验学、临床基本检验技术、仪器分析、卫生化学、物理化学等实验课程 | 求实楼B栋二楼 | 重庆市 实验教学示范中心 |
| 公共卫生学实验教学中心 | 公共卫生学实验室 | 预防医学、卫生毒理学、流行病学、营养与食品卫生、环境卫生与劳动卫生学、儿童少年卫生学、食品分析等实验课程 | 求实楼B栋五楼 | 校级 实验教学示范中心 |
| 中医药实验教学中心 | 中医学实验室 | 中医学专业实验课程 | 求真楼A栋二楼 | 校级 实验教学示范中心 |
| 中药学实验室 | 中药学专业实验课程 | 求实楼A栋五楼 | ||
| 数字语言实验教学中心 | 语言实验室 | 英语、汉语等语言教学 | 构想楼A栋三楼 | |
| 计算机实验室 | 计算机类、虚拟实验等实验课程 | 构想楼A栋四楼 | ||
| 医学物理学实验室 | 医学物理学、电子类、仪器分析等实验课程 | 构想楼B栋一楼 | ||
| 其它实验室 | 检体诊断学实验室 | 检体诊断学、健康评估（护理专业）、人文学（护理专业）等实验课程 | 构想楼B栋五楼 构想楼B栋四楼 | |
| 生物医学工程实验室 | 生物医学工程专业实验课程 | 构想楼A栋一楼 | ||
| 护理基础实验室 | 基础护理学专业实验课程 | 构想楼A栋五楼 |
实验教学管理中心网站：http://etc.cqmu.edu.cn/