重庆工学院研究生处的前身是1997年1月成立的研究生教育管理处，当时主要负责开展与其他高校和科研机构联合培养研究生的工作，并负责各类研究生课程进修班的登记、报批和管理。1999年10月，经学校研究决定，校学科建设领导小组之下设机构——学科建设办公室设在研究生教育管理处，主要负责学校学科建设与发展规划的制订及落实、重点学科的建设与管理、申请新增硕士学位授予单位及硕士点的申报等工作。
在学校党政及校学科建设领导小组的正确领导下，通过全校师生的共同努力，迄今为止，我校已建成3个重庆市重点学科（其中1个为14个重庆市“十五”期间重点建设的重点学科之一）。2003年，我院以优异的成绩通过了申请新增硕士学位授予单位整体条件评估，有4个学科专业获得硕士学位授予权。
目前，研究生处同时也是学科建设办公室，承担着学科建设与研究生教育管理的双重任务职能。在学校发展的新的历史阶段，我们将继续把学科建设作为学校的龙头工作，努力营造浓厚的学术氛围，完善成才机制，以保证我校学科建设水平与时俱进并不断提高研究生培养质量。