西南大学植物保护学院，其前身是西南农学院植物保护系，始建于1952年， 2002年成为西南农业大学植物保护学院，2005年西南师范大学和西南农业大学合并后组建了西南大学植物保护学院。
学院现有植物保护一级学科博士点1个，下设植物保护学博士后流动站1个，涵盖植物病理专业、农业昆虫与害虫防治专业、农药学专业、生物安全专业4个博士、硕士学位授权。学院设有植物保护和制药工程2个本科专业，3个教学系、4个教学实验室和6个教学实践基地。目前，有重庆市精品课程3门，1个重庆市重点实验室，2个重庆市高校级重点实验室。学院从1978年开始招收硕士研究生，1986年开始招收博士研究生，2000年开始招收农业推广专业硕士研究生。2002年起承担了国家对外经济贸易部支援发展中国家培训项目(TCDC)--国际储藏物保护技术培训班。2006年起承办全国农作物病虫害测报技术培训班。
学院现有教职工49名，其中部级有突出贡献专家1名，享受政府特殊津贴者4名，教育部新世纪优秀人才支持计划入选者1名，中国农业科学院二级岗位杰出人才1名，重庆市学术与技术带头人及后备人选4名，巴渝学者特聘教授1名,重庆市名师1名；博士生导师9名，硕士生导师20名，外籍客座教授7名；教授、研究员19名，副教授、副研究员12名，高级实验师1名。
2005年以来，共承担包括国家重点基础研究发展规划973、863、国家自然科学基金、国家攻关项目以及省部各级项目84项，获部省级以上科研成果56项，获部省级以上奖励的有42项，其中一等奖14项、二等奖28项，三等奖11项；出版专著和全国统编教材42部、发表论文1000多篇。分别有2篇博士和3篇硕士学位论文获重庆市优秀学位论文，其中1篇博士学位论文获全国百篇优秀博士学位论文提名奖。
建院60年来，植物保护学院全体教职员工秉承“崇德尚学、务本致远”的院训，始终奉行“勤恳求实、无私奉献、以人为本、学术立院”的办学理念；以学科建设为龙头，教学、科研为中心，促进产学研紧密结合；为把植物保护学院建成国内有影响力的高水平研究型学院而努力奋斗。