基础医学院始成立于1981年6月，前身为基础医学部。1986年10月，基础医学部更名为医疗系，1995年5月，为便于教学工作的管理，基础医学教学及临床医学教学分为两大部分：基础医学教学称谓基础医学部，临床医学教学称谓医疗系，2005年10月25日，改为基础医学院。目前是学校主要的教学单位之一。
基础医学院现设党总支办公室、基础医学院办公室、教学科研科和学生科，总支书记1人，专职副书记1人、院长1人，副院长1人，办公室主任1人，科员1人，教学科研科科长1人，科员两人。
基础医学院下设办公室和教学科研科，现有11个教研室（物理学教研室、生物化学教研室、人体解剖学教研室、生理学教研室、病理生理学教研室、组织胚胎学教研室、寄生虫学教研室、生物学教研室、微生物与免疫学教研室、民族医学教研室、文献检索教研室），3个实验教学中心（机能实验教学中心、形态学实验教学中心、人体解剖学实验教学中心），4个实验室（病原学实验室、生化实验室、物理实验室、民族医学技能练习室）和7个研究室（人类学研究室、应用神经研究室、分子生物学研究室、医学信息处理研究室、中草药研究室、应用生理研究室和应用化学研究室）。
基础医学院拥有一支学科、学缘、学历、职称结构较为合理的教师队伍，目前有教职工179人，专任教师154人，其中教授9人，副教授31人，具有高级职称教师占专任教师的31.2%；具有硕士以上学位72人，占专任教师的46.8%。目前在读博士、硕士27人。35岁以下教师占专任教师的49.4%，35岁以上教师占专任教师的50.6%。全国优秀教师1人，自治区有突出贡献科技人员1人，自治区优秀教师4人。
在学院党政的正确领导下，经过几代人的艰苦创业和共同奋斗，基础医学院在教学工作、学科建设、课程建设、人才培养、精神文明建设等各方面都取得了一定的成绩。目前有广西高校硕士学位授权点建设学科4个（生物化学与分子生物学、人体解剖学与组织胚胎学、公共卫生与预防医学、生理学）；广西2000-2006学科建设发展规划2个（生物化学与分子生物学、流行病学与卫生统计学）；广西高校重点实验室１个（生化教研室的重金属氟砷毒物研究实验室）；右江民族医学院重点学科3个（生物化学与分子生物学、流行病学与卫生统计学、人体解剖学与组织胚胎学）；右江民族医学院硕士学位授权点重点建设学科2个（生物化学与分子生物学、人体解剖学与组织胚胎学）；自治区级精品课程2门（人体解剖学、预防医学）；广西区级重点课程3门（生物化学、人体解剖学、预防医学）；右江民族医学院精品课程6门（医学免疫学、生物化学、医学微生物学、人体解剖学、预防医学、基础化学）
近几年，基础医学院在教学实践中取得了一定的成绩。承担广西自然科学基金和广西教育科学"十一五"规划立项课题等一系列各级各类教学科研课题200多项，其中省级以上课题80多项；发现《47，xx，+21，±（2；10）》人类染色体异常核型二例，属于世界首报；发现肾膨结线虫病例，为区内首例；获国家发明专利3项；科技成果6项；广西成果鉴定7项；地厅级科技进步奖6项；发表论文530多篇，省级以上刊物发表论文250多篇（其中SCI收录3篇）；自治区级教学成果4项；广西教育技术应用大赛三等奖1项，优秀奖1项；公开出版教材29部，其中1部教材被定为全国医学院校统一使用教材，获广西高等学校优秀教材二等奖3部。
基础医学院每年承担全校临床医学、医学检验、医学影像学、口腔医学、护理学、护理学（英语方向）、公共事业管理、药学等10个普通高等教育本、专科专业所有基础医学课程，累计教学工作量约达2万学时/年，是学校教学任务的主力军，在全校的教学工作中占有举足轻重的地位。基础医学院领导班子历来高度重视教学工作，根据医学教育的特点和学校的“‘精医术、懂人文、有理想、能创新’、‘下得去、用得上、留得住、有作为’的复合型、实用型、创新型医药卫生及相关高级人才”培养目标，始终坚持以教学为中心，以质量为生命，转变教育观念、深化教学改革、强化教学管理和教学质量监控。通过各种验证性实验，开设综合性和设计性实验，积极开展学生课外创新实践教学活动；采用启发式、讨论式等教学方法，充分利用多媒体辅助教学及其它电化教学。建立基础医学网络辅助教学体系，研制多媒体课件，大力开展教学方法与教学手段改革，加强基础知识学习和训练，拓宽学生的知识面，培养学生的创新实践能力，提高学生的综合素质和社会适应能力。为少数民族地区培养医学人才2万多人。
我们将谨遵"大医精诚"校训，坚持走"科研促进教学，教学带动科研，教学科研相长"的道路，继续发扬艰苦奋斗，勇于探索，积极改革，锐意进取，蓄意创新，努力开创教育教学新局面，为学校的建设和发展再创佳绩。