感染与免疫研究中心主要针对世界三大传染病（艾滋病、结核病和疟疾）的病原学（HIV、结核菌和疟原虫）、发病机理、免疫学进行深入的研究，在此基础上开发新型疫苗、防治药物和疗法。其特色是利用统一的非人灵长类动物模型对上述三大病原体的共感染、相互作用及其机理、共感染免疫学进行广泛而深入的研究，从一个新的角度探讨感染免疫学，发现新的疾病规律，研发新型疫苗、防治药物和疗法。
研究中心目前设有四个研究室：病原生物学研究室、免疫生物学研究室、病毒免疫学研究室、疫苗与生物药物研究室。将于2009年增设分子免疫学研究室、结核病研究室和艾滋病研究室三个研究室。在上述增设的三个研究室负责人（PI）到位后，研究中心改名为研究所，研究所的发展规模为15-18个研究室。
宗旨：建立一个国际一流的以研究世界三大传染病为主的研究实体，同时根据国家和地方的紧急需要（例如新发和特发传染病的流行）解决国家与地方的紧急的重大问题。
目标：在世界三大传染病（艾滋病、结核病和疟疾）的研究上引领国家方向，达到国际先进并在某些方面达到国际领先的水平。近五年科技目标：结核病研究达到引领国家方向并具国际同等水平；艾滋病研究在国际上有一定影响；疟疾研究达到国内外有一定的知名度。
研究范围：艾滋病、结核病和疟疾的病原学、发病机理、免疫学、病原体共感染及其相互作用、新型疫苗与药物及疗法的研究；国家和地方紧急需要时如新发和特发传染病的流行迅速组织联合攻关，解决国家和地方的紧急重大问题。