海洋环境工程中心是我所对外承担海洋工程科技服务的独立机构。“广州南科海洋工程中心”是科技服务型企业，纳入我所海洋环境工程中心的管理。工程中心现有包括地质、环境、水文气象、生物、化学等专业、实力雄厚的海洋工程环境调查和工程勘察的技术服务队伍，拥有先进的海上现场观测、实验测试仪器和海洋工程技术服务所需的各类国家级资质证书。
近年来，中心已为国内外较大型的港口码头、核电站、火力、水力发电厂的前期工程和选址建设、跨国海底光缆、输油管线工程、海上石油钻探井位、琼州海峡跨海工程、南海石油化工等三百多个项目提供了优质的海洋水文、生态环境调查、海洋专项工程勘察、海洋环境保护和环境影响评价、海域使用可行性论证、海域使用测量、海洋测绘等技术服务，在社会上树立了良好的信誉，为国民经济建设和海洋经济的可持续发展做出了重要贡献。