仲恺农业工程学院高等教育研究所成立于1988年10月，最初定名为高等教育研究室，2002年更名为高等教育研究中心。为了适应高等教育研究发展的需要，学校研究决定，于2006年再次将其更名为高等教育研究所。
高等教育研究所设所长1名，现有全职研究人员5名，兼职研究人员30余名。高等教育研究所设有资料室，备有高等教育研究方面的书籍、期刊杂志，供校内师生员工阅读。
高等教育研究所是学校教育教学研究的中枢，是从事高等教育理论与实践研究的学术咨询机构。目前设有教育政策与规划、比较高等教育、教育经济与管理、高等教育评价和高等农业教育等研究方向，其研究成果为学校定位与教育改革及发展规划等提供理论依据。
高等教育研究所每年定期编辑出版《仲恺农业工程学院学报》（高教版）2期，《农工教育研究》内刊12期。负责校内教育教学改革研究项目的评审工作。近五年来，高等教育研究所组织、承担国家、省级教育教学改革课题44项，组织开展校级课题570项。在近两届教学成果奖评审中，获得省级教学成果奖6项，校级教学成果奖35项。积极鼓励学校教师开展教学研究并将研究成果及时应用到教学实践，有力地促进了教学质量的提高和办学事业的发展。
同时，高等教育研究所致力于推进高等教育的对外拓展，为学校更快、更好地发展而努力。