汕头大学高等教育研究所成立于 1986年，是广东省最早的两个以高等教育为研究对象的研究机构之一，首任所长是广东高等教育学会原副会长黄宇智研究员。从1994年9月至2003年12月，著名教育家潘懋元教授作为本学科的带头人和名誉所长，为汕头大学高等教育学学科建设倾注了大量的精力，每年有近一半的时间为本学科工作。从1995年开始，本学科与厦门大学联合培养硕士研究生，设置高等教育理论与管理方向。