第二临床学院依托于广州医学院第二附属医院，成立于2004年，位于海珠区市中心，占地面积4万平方米，负责临床医学、医学影像学、麻醉学、康复治疗学等专业的教学组织工作，协办医学检验、口腔医学、护理学等专业，设临床教研室22个。
学院的神经病学、医学影像与核医学、普通外科、心血管内科、神经外科学、耳鼻咽喉与过敏反应科学是省级重点学科；临床医学专业、医学影像学专业是广东省名牌专业；诊断学、内科学是广东省精品课程；神经内科、神经外科、心血管内科、过敏反应科等重点专科以及疼痛科、急诊科、心理科是特色专科。
学院现有23个硕士点，并建立起了临床医学博士后流动站培养基地。近年来学院获得多项国家、省部、市厅级项目，科研项目经费和实验室建设经费达1600余万元。