吉首大学哲学研究所从伦理学研究所发展而来，始建于1995年。2003年获伦理学专业硕士学位授予权，2005年获马克思主义哲学专业硕士学位授予权，2010年，获哲学一级学科硕士学位授予权，现自主设置招生专业有马克思主义哲学、伦理学、中国哲学、宗教学。该所建有两个研究中心：“湖南省普通高校哲学社会科学重点研究基地”——差异与和谐社会研究中心，湖南省中国特色社会主义理论体系研究中心——吉首大学基地。截至2011年，该所已招收硕士研究生130人，其中已取得硕士学位者68人，毕业研究生中有10余人考上名牌大学博士研究生，大部分研究生毕业后进入高校或党政机关工作。
该所师资力量雄厚，拥有一支科研能力强、结构合理的学术队伍，成员共17人，其中教授8人，副教授6人，博士11人。学科带头人易小明教授系教育部新世纪优秀人才支持计划入选者、湖南省首届青年社会科学家、湖南省省级学科带头人、湖南省首届“优秀社会科学百位人才”培养对象，留德学者、博士生导师。同时，还聘请了中国社会科学院孙伟平教授、李存山教授，湖南师范大学唐凯麟教授为该所特聘教授。该所有专业图书资料8万余册，中外文期刊杂志150余种。
近五年来，该所成员主持国家级、省部级科研课题38项，其中国家社科基金项目8项，共计研究经费300多万元。在《哲学研究》、《哲学动态》、《马克思主义研究》、《光明日报》、《道德与文明》、《伦理学研究》等刊物发表学术论文350多篇，其中CSSCI核心期刊文章230余篇，15篇被《新华文摘》、《中国社会科学文摘》全文转载，60余篇被《高等学校文科学术文摘》、《人大复印资料》等转载。出版专著、教材20余部。获省部级科研成果奖8项，其中一等奖1项，二等奖4项，三等奖3项。
该所注重对外学术交流，长期与中国社会科学院、北京大学、清华大学、中国人民大学、复旦大学、北京师范大学、中山大学、华中科技大学、东南大学、中南大学、湖南师范大学等著名高等院校和科研院所保持良好的合作交流关系，先后有来自上述单位的著名专家学者60余人次来校讲学。