计算机软件与理论二级学科于2005年获得硕士学位授予权。本学科强调理论与软件系统开发的紧密结合，在理论研究方面鼓励创新，强调把理论研究成果应用于研制各种计算机软件，并在实践中得到进一步的发展。注重培养在计算机软件与理论专业范围内，掌握坚实的计算机专业基础理论及计算机软件与应用开发技术方面的专门知识，具备从事科学研究、软件系统开发、教学等领域的独立工作能力，德、智、体全面发展的专门人才。本学科目前具有三个研究方向：软件工程与软件工程环境、可信软件、网络计算技术等。