湖南大学教育科学研究院源于1981年建立的高等教育研究室，1987年更名为高等教育研究所，2006年正式成立教育科学研究院。
湖南大学最早于1929年设立教育系，出版《教育丛刊》，后几经更名，1953年院系调整时，教育系调离湖南大学，直至1981建立高等教育研究室，恢复教育科学研究。1986年设立“学科教学论”硕士学位授权点，1998年设立“高等教育学”硕士学位授权点，后设立“教育技术学”、“教育经济与管理”等二级学科硕士学位授权点；2005年获准“教育学”一级学科硕士学位授权。2007年获准“教育硕士”专业学位授权。
教育科学研究院集人才培养、科学研究、咨询服务和教育理论刊物出版于一体，目前，设有教育学原理、课程与教学论、高等教育学、教育经济与管理等二级学科方向，在教育基本理论、有效教学、教育评价与管理等方面形成了一定的研究基础和特色。院资料室拥有人文、教育等领域中外藏书1.5万册和中外文期刊103种。教育类学术刊物《大学教育科学》2009年进入CSSCI来源期刊。
教育科学研究院1999年开始招收硕士研究生，目前在读硕士研究生153人。专任教师12人，另有校内外非全职教师22人。
历任行政领导
| 机构名称 | 正职 | 任职时间 | 副职 | 任职时间 |
| 高等教育研究室 | 朱凡 | 1980-1987 | ||
| 高等教育研究所 | 成文山（兼） | 1987-1990 | 涂序华 | 1987-1989 |
| 翁祖泽（兼） | 1989年-1993年 | 孙宗禹、周良驹 | 1989-1990 | |
| 孙宗禹（兼） 周良驹 | 1993-1994 | |||
| 孙宗禹（兼） | 1993年-1997 | 周良驹 | 1993-1994 | |
| 谢再根、张慧明 | 1995-1997 | |||
| 谢再根 | 1997年-2001.9 | 张慧明 | 1997年-1998年 | |
| 潘亚辉 | 2000.5-2001.9 | |||
| 彭兰 | 2001.9-2006.11 | 邓军 | 2001.11-2002.6 | |
| 姚利民、胡弼成 | 2004.12-2006.11 | |||
| 教育科学研究院 | 彭兰 | 2006.11-2011.4 | 姚利民、胡弼成 | 2006.11-现在 |
| 余小波 | 2011.4-现在 |