制药工程系现有制药工程本科专业和药学一级学科硕士点。现有教师14名，其中教授7人，副教授2人。有博士生导师1人，硕士生导师7人。
制药工程专业培养能在医药等精细化工和生物化工行业从事相关产品的生产管理、技术开发、工艺和设备设计、技术改造和经营管理等方面的工作，适应社会主义市场经济发展的高层次、高素质、全面发展的科学研究与工程技术人才。
近年来，制药工程系教师承担了国家863、省科技攻关、国家自然科学基金多项，现已形成以手性药物的合成及工艺改进、天然产物的提取、分离及制剂、生物药物为特色的主要研究方向。