教育科学研究院成立于2000年12月，是华中科技大学所属的教学与科研机构，前身为1980年10月创立的高等教育研究室。1985年6月13日高等教育研究室扩充改建为高等教育研究所，2000年12月16日高等教育研究所与校内国家大学生文化素质教育基地、全国学位与研究生教育发展中心武汉研究基地、《高等工程教育研究》杂志等单位合并，组建教育科学研究院。经国务院学位委员会批准，1986年7月28日获高等教育学硕士学位授权点；1996年4月29日获教育管理学（高等教育管理）博士学位授权点；1998年6月19日改为高等教育学博士学位授权点，是当时全国高等教育学专业4个博士学位授权点之一。1998年高等教育学被批准为湖北省重点学科。2000年获教育经济与管理硕士学位授权点，同年获公共管理（教育经济与管理）硕士（MPA）学位授权点。2003年获教育经济与管理博士学位授权点，同年获课程与教学论、教育学原理、发展与教育心理学、教育技术学等4个硕士学位授权点。2007年高等教育学被批准为国家重点学科。经过近20多年的建设，已形成了“严要求、高起点、厚基础、求是、创新、重实践”的办学传统。
该院的主要任务是：研究高等教育理论、高等教育政策与高等教育管理、国际与比较教育、学位与研究生教育；研究基础教育理论与改革，研究大学生心理学、高等学校管理心理学等。培养高等教育、基础教育的理论工作者和实际工作者，培养公共管理（教育经济与管理）专业高级管理人才，培训高层次大学管理人员。推动我国高等教育学和教育学学科建设，建设有特色的教育理论研究基地和高层次人才培养基地。
该院下设高等教育研究所、基础教育研究所、心理学研究所、教育评估与开发研究所、院校发展研究所、院校发展研究中心、国际与比较教育研究中心；同时设有国家大学生文化素质教育基地、全国学位与研究生教育发展中心武汉研究基地、《高等教育研究》编辑部、《高等工程教育研究》编辑部和院办公室。
该院同国内外有关院校与机构建立了较为广泛的学术交流和合作关系。从1986年开始，同南京航空航天大学、湖南大学合作，每两年举办1次全国大学教育思想研讨会，现已召开了8次，其中包括1次国际学术会议。本院经常性派遣教师到国外或境外进修、讲学、开展合作科研和参加国际学术会议；并聘请了马越彻、原康夫、黑羽亮一、露丝•海霍、约翰•斯通、阿特巴赫、大塚丰等学者为兼职教授，应邀到本学院讲学的国外和境外专家达20余人次。承担的国际合作课题有："高等教育中的女性参与"、"学生贷款亚太地区国际比较研究"、"高等教育学生财政与学生资助政策研究"、"学费及弱势学生的特殊资助"等。
现任院长由张应强教授但任，沈红教授、别敦荣教授任副院长。