基础学院前身为基础部，成立于1988年8月，是我校最大的教学单位。现设有综合科、教学管理科、13个教研室、1个基础医学实验教学中心和9个研究所（室）。
基础学院现有教职工172人，其中，教授22人，副教授39人，讲师76人；高级实验师9人，实验师14人；博士13人，硕士74人；享受国务院特殊津贴2人，国家级教学名师1人，全国劳模1人，全国优秀教师2人，省级教学名师3人，校级教学名师3人，济宁市科技功臣1人。
学院现有2个省级“十二五”重点学科，4个校级重点学科（实验室）；1个省级“十二五”高校重点实验室，1个省级实验教学示范中心；1门国家级精品课程，5门省级精品课程，4门省级成人高等教育特色课程，7门校级精品课程；2个省级教学团队、4个校级教学团队。近年来获得国家级教学成果奖2项，省级教学成果奖4项。
学院承担着全校法医学、临床医学、预防医学、口腔医学、医学影像学、护理学、药学、医学检验、康复治疗学等专业医学基础课程的教学任务。
学院实验教学中心仪器设备先进，总值约3100万元，具备良好的实验教学和科研条件，近五年来学院承担国家自然科学基金、山东省自然科学基金、教育厅、卫生厅等科研项目50余项，在国内外学术期刊发表论文500余篇，出版著作30余部。(以上数据统计截止2012年3月)