山东省医学科学院研究生教育工作始于1979年，是1981年国务院学位委员会首批批准的硕士学位授权单位，也是山东省属科研机构中唯一承担国家研究生培养任务的单位，招生规模和学科点数量在全国省级科研单位中位居前列。
山东省医学科学院现有省肿瘤防治研究院（省肿瘤医院）、基础医学研究所、省眼科研究所暨医院、省皮肤病性病防治研究所（省皮肤病医院）、省医药生物技术研究中心、药物研究所、省劳动卫生职业病防治研究所、省寄生虫病防治研究所、放射医学研究所、省内分泌代谢病研究所暨医院10个研究生培养单位；有免疫学、病原生物学、放射医学、内科学、皮肤病与性病学、眼科学、肿瘤学、流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、中西医结合基础、药物化学、微生物与生化药学12个硕士学位学科招收研究生；有生物化学与分子生物学、免疫学、流行病与卫生统计学、眼科学、肿瘤学、内科学6个学科与高校联合招收博士研究生；拥有一支年龄和知识结构合理的高水平的导师队伍，其中博士生导师7人、硕士生导师110人。多年来，我们充分发挥科研单位的特色和优势，坚持以科研工作促进研究生教育，以研究生教育提升科研水平，使我院的研究生教育规模不断扩大，教学质量不断提高，所培养的研究生全部取得硕士学位，为社会培养了一大批理论与实践并重，富有创新能力的高层次医学人才。
山东省医学科学院毕业的研究生绝大多数在国家、省级科研、医疗机构和高等医学院校从事科研、医疗和教学工作，并且成为所在单位的骨干力量和学科带头人，有的已成为国内外知名专家、博士、硕士研究生指导教师及国外高级卫生行政官员。