中国科学院海洋研究所成立于1950年8月1日，是我国目前规模最大、学科最全的从事海洋科学基础与应用基础研究和新技术开发的综合性海洋科研机构。
中国科学院海洋研究所是中国科学院知识创新工程试点单位，是国务院学位委员会批准的海洋科学一级学科博士学位授予单位、中科院博士研究生重点培养基地，设有7个博士点、10个硕士点；还设有海洋科学博士后流动站；具有博士生导师审定权。
全所现有在岗职工565人，其中科技人员431人；有中国科学院院士5人，中国工程院院士2人，第三世界科学院院士1人；研究员81人，副研究员、高级工程师81人，中级科技人员204人；博士生导师89，在读研究生428人，其中硕士生201人，博士生227，在站博士后17人。
中国科学院海洋研究所建所50多年来，面向国家战略和社会需求，面向国际海洋科学前沿，从开展我国沿海重要经济海产生物种类及资源环境调查研究着手，特别是在组织实施全国海洋综合调查的基础上，对我国近海的水文物理、海洋化学、地质地貌、海洋生物分类区系、生态与资源等领域进行了系统研究，积累了大量基础资料与标本，发现了一些新的海洋现象，提出了一些新的见解和研究分析方法，在我国海洋水产养殖发展的三次浪潮中发挥了关键作用。在海洋生物分类区系、实验海洋生物学、海洋水产养殖生物学、海洋生物技术、海洋生态学，浅海动力过程、海洋环流与气候环境，海洋地质动力过程与古环境、海洋地球化学、海底岩石圈构造，化学海洋学、海藻化学和海洋资源化学，赤潮与海洋环境科学，海洋工程环境、海洋腐蚀及防护等方面的研究中，取得了一大批基础性、开创性的科学成果，为我国海洋科学的发展奠定了基础，也为海洋军事、航运、渔业、工程等部门提供了科学资料。在为国民经济服务方面，开展了海洋经济动植物的生物学和人工养殖原理研究，先后建立了海带、紫菜、中国对虾、贻贝、海湾扇贝等人工养殖原理和方法，做出了许多开创性和奠基性的工作，直接推动了我国海洋科学研究事业的发展，取得了700多项科研成果，其中获国家二等奖以上和中国科学院、省、部（委）一等奖以上的成果115项。
为加强原始科学创新和关键技术创新与集成，研究所进行了结构性调整，设置了实验海洋生物学、海洋生态与环境科学2个院级重点实验室和海洋环流与波动、海洋地质过程与古环境2个所级重点实验室，以及海洋生物工程和海洋环境工程技术2个应用研究发展中心；并建有中国科学院现代海底热液活动研究青年实验室、胶州湾生态系统研究站和海洋生物标本馆；与中外联合共建有中美联合海洋生态动力学开放实验室、海洋环流与气候环境联合研究中心、中日海洋腐蚀环境共同研究中心、海洋环境探测与模拟实验室、青岛海洋生物技术重点实验室、青岛海洋环境腐蚀与防护重点实验室；作为科研活动的重要支撑条件，还设有文献信息中心、分析测试中心，及一支包括“科学一号”、“金星二号”在内的海洋科学考察船队。
中科学院海洋研究所编辑出版的学术期刊有《海洋与湖沼》、《海洋科学集刊》、《中国海洋湖沼学报》（英文版）、《海洋科学》。《海洋与湖沼》获国家出版总署“中国期刊方阵双百期刊”、“第二届国家期刊奖提名奖”，科技部“中国百种杰出期刊”，中国科学院“优秀科技期刊一等奖”；《中国海洋湖沼学报（英文）》获国家出版总署“中国期刊方阵双百期刊”。
研究所图书馆馆藏图书15.6万册，中外期刊1000余种，与46个国家和地区的270多个机构交换原版书刊300多种。
亚洲规模最大的中国科学院海洋生物标本馆建在海洋研究所。馆藏海洋生物标本67万余号，其中模式标本1100种共2300号。
2001年4月，进入中国科学院知识创新工程试点给海洋研究所插上了腾飞的翅膀。近4年来，研究所按照中国科学院党组的战略部署，坚持面向国家战略需求和世界海洋科学前沿领域，明确在创新体系中的战略定位，确定和实施新时期发展战略，科技创新目标得到了凝聚与提升，培育了一些新的学科生长点，调整了结构和科技布局，强化了原始创新和技术集成，优化了科技创新队伍，创新观念与文化明显更新，体制与机制改革取得了突破，科技创新能力和综合竞争力大幅提高，各重点研究领域取得了一批可喜的创新成果。为把海洋研究所建设成为中国科学院30个世界著名的研究机构之一，建设成为国家海洋科学研究中心和多学科交叉与技术集成的开放型研究中心奠定了坚实的基础。海洋研究所的创新目标已经和正在实现。