山东体育学院运动系成立于1993年，承担着山东体育学院运动训练专业的建设与发展任务，也承担着山东体育学院体育教育专业、民族传统体育专业、运动训练专业等专业的篮球、健美操、排球、体操、乒乓球、网球、手球等课程的教学任务。
本系所承担的运动训练专业是教育部制定的体育学类重点专业。1979年招收第一届运动训练专业本科学生，1983年获得教育学学士学位授予权，2003年，获得硕士学位授予权。
28年来，在山东省教育厅和社会各界的大力支持帮助下，运动系运动训练专业获得了长足的发展，取得了显著成绩。在专业建设、课程建设、学生培养等方面积累了丰富的经验。多年以来始终坚持“厚基础、宽口径、高素质、强能力”的育人原则，紧密结合培养目标，注重在政治思想、理论素养、实践能力等方面对学生进行综合性培养。尤其自1998年以来，按照学院的部署实施了重点学科、名师名人、优质课程四大“培植工程” 后，取得了显著效果。模拟训练实验室被评定为山东省省级重点实验室，健美操被评定为山东省普通高校改革试点课程，并已顺利通过鉴定。取得山东省教改成果二等奖两项、三等奖两项，国家体育总局教学成果三等奖一项。这些成果的取得有力地促进了教学质量和人才培养质量的提高。迄今为止，共培养了22届2000余名合格本科毕业生。他们遍布全省各地，集中于体育系统各级运动队和大中专院校，在《全民健身计划纲要》和《奥运争光计划纲要》的实施中起到了重要的作用，其中不少已成为知名度较高的专家、学者、国家优秀教练员、运动员。如奥运冠军林伟宁、刘春红、竞走世界冠军关平等。现在，在我省6个设立运动训练专业的普通高等学校中，山东体育学院运动训练专业是招生规模最大、项目设置最全、取得成绩最好的专业。为促进我省竞技体育、体育教育和全民健身事业的发展做出了巨大贡献。
运动训练专业在2006年被确定为全省高等学校特色专业。学院领导高度重视，通过政策倾斜、加大投入、放宽权限等方式积极支持专业建设，使其在近年来迅速发展。目前该专业教学管理完善，师资、科研力量雄厚，设备先进，教学条件好，招生规模大，学生专业基础扎实、实践能力强、发展潜力大，就业渠道广。以奥运争光计划和全民健身计划为指导思想，面向社会需求，立足教育事业，形成了教学、训练、科研三位一体，竞技体育突出，教体结合的特点，在我省及我国同类专业中具有鲜明的特色。