2000年按照山东省政府鲁政发[2000]36号文件，与省体育运动技术学院、省体育科研中心合并，组建成新的山东体育学院，成为全省体育教育、运动训练和体育科研的中心，担负着发展全省体育教育，搞好全省竞技体育训练与竞赛和体育科技攻关服务的重任，为了加快学员发展，拓展办学空间，学院在省体育局的支持下，投资3.22亿建设占地1473亩的日照新校区，日照校区的建立,使我院本科生在校规模由合并前的2000余名,发展到近7000名。山东体育学院将承接2009年第十一届全运会四个比赛项目，为了高质量地办好这四个比赛项目，经省政府同意并报请国务院批准，在十一届全运会主赛场附近征地1400亩，建设新的济南校本部，原有的济南校本部已被改造成体育嘉园住宅小区。
我院实施“三合一”办学体制改革后，把原隶属省体育局管理的竞技体育资源和体育科研资源纳入到学院的统一管理范围内，这样就使我院在学校管理体制、运行机制、体育资源整合与优化配置，体育教学、训练、科研专职队伍建设等方面和国内同类院校相比形成了自己的特色和优势。
经过几年的发展和新校区建设布局整合，目前我院已形成以济南新校区为主，日照校区为辅的办学格局。这种办学格局的确立为将来我院将来的发展奠定了一个良好的基础。我院的占地面积已由改革前的131亩增加到1840余亩，大型室内体育馆有6个增加到31个（其中投资额超千万的有：标准50米游泳馆一个，田径馆一个，大型综合训练馆5个），拥有标准400米塑胶田径场2个，人工草皮足球场3个，室外网球、篮球、排球场数十个。这些场馆可为体育硕士训练与教学提供实践场所。教学科研仪器设备由合并前的940万元增加到目前的3442.51万元。拥有自行研制开发,具有自主知识产权的模拟训练跑道、模拟低压氧舱和模拟低氧水槽三项大型训练设备，其设计制造水平已达到国际先进、国内领先并填补了国内空白。购置了许多具有当代国际先进水平的生理、生化、生物力学分析测试仪器、建立了机能评定与训练监控实验室、兴奋剂检测实验室、山东省国民体质评价与检测实验室，与韩国大德基因公司合资成立了基因检测实验室，这些良好的硬件资源为体育硕士的教学与科研提供有力的设备保障。
学院运动人体科学学科被确定为“九五”省级重点学科，模拟训练实验室为“九五”山东省省级重点实验室，基础理论课教学实验室被评为省高校一类实验室。民族传统体育专业和生理学、健美操课程被确定为“山东省普通高校教学改革试点专业和试点课程”。山东省社会体育指导员培训中心、山东省国民体质监测中心均设在我院，分别负责全省社会体育指导员培训和山东省国民体质监测任务。运动人体科学学科被省教育厅确定为“十五”强化重点建设学科，人体运动机能评定与训练监控实验室被确定为“十五”省级重点实验室。
学院现有专任教学科研人员506名，其中正高级专业技术人员52名（教授28名、国家级教练员13名、研究员11名）。教学科研人员中获博士学位者10人，硕士学位者61人，目前，在职攻读博士学位者12人。第四届国务院学位委员会体育学科评议组成员1人，省级拔尖人才6人，享受政府特殊津贴者11人，山东省有突出贡献的中青年专家4人，国家和省级优秀教师14人，硕士生导师45人，有2名教授被外校聘为博士生导师。这些高层次、高水平的教师可承担MSP的理论课教学任务。山东省体育运动技术学院归属体育学院管理后，按项目特点划分为五个竞技系进行管理。五系中有一大批具备高水平运动技能的运动员和训练执教技能的教练员，他们先后在奥运会、世界杯赛、世界锦标赛摘金夺银为国争光，其专业技能水平已得到了充分说明和肯定，他们可以充当运动技术实践课的专任教师。