我国于1997年开始设立教育硕士专业学位，山东师范大学是首批招生单位。教育管理专业教育硕士是首批招生专业，目前我院已经整整招收了十届教育硕士近千名学员，为山东省基础教育输送了一批具有较高教育理论素养、教育研究能力的教育行政管理干部、中小学校长和一线优秀教师。并且该专业也形成了有别于学术型硕士的独特培养模式，即采用案例教学，旨在形成教育硕士学员的反思性批判能力，能够理论联系实际，自主、自觉地改进教育实践。为了适应基础教育改革的需要，我院于2005年又新增设了小学教育专业教育硕士，并于当年招生。这两个专业分别每年计划招生40人，有40位（10人为外聘）导师承担教育硕士论文指导工作。
2007年4月国务院学位办将对我校教育硕士点进行评估，我院承担全校教育硕士三门公共学科课程的教学，并在教育硕士培养和答辩等环节与各专业学位点有合作和联系，我院将全力以赴做好评估工作，力争为山东省基础教育改革走内涵式发展的道路提供智力支持和师资保障。