经过学校自主设置、专家论证、教育部公示，青岛农业大学在教育部成功备案5个学术学位二级学科，其中包括合作经济管理（学科代码1203Z1，隶属农林经济管理一级学科），在合作社学院招生；农村组织与制度（学科代码1203Z2，隶属农林经济管理一级学科），在人文与社会科学学院招生；天然产物化学(学科代码99J1，交叉学科)、植物分子育种(学科代码0710Z1，隶属生物学一级学科)，在生命科学学院招生；设施园艺学（学科代码0902Z1，隶属园艺学一级学科），在园艺学院招生。
以上5个学科将从2013年开始招收全日制学术学位研究生。