海洋环境学院研究生教育，现有三个博士后流动站，三个博士点和五个硕士点。五个硕士点是：物理海洋学、气象学、大气物理学与大气环境、环境科学、流体力学；三个博士点和博士后流动站是：海洋科学、大气科学和环境科学与工程。物理海洋学是国家重点学科，大气科学和环境科学是山东省重点学科。早在1961年，物理海洋学和海洋气象学就分别开始招收研究生。1979年又正式招收硕士研究生。1981年物理海洋学和海洋气象学两个专业先后成为我国首批和第二批博士学位授予点，1987年物理海洋学被批准为国家重点学科，1988年批准建立博士后流动站。1998年又获准设立了大气科学、环境科学与工程两个博士后流动站。