市政工程硕士二级学科依托济南大学土木建筑学院市政工程系，本学科目前拥有三个主要研究方向：
（1）给水处理理论与技术: 主要围绕生活饮用水处理及水质安全等有关水质科学和工程问题开展系统深入的理论与技术研究，研究提出水处理的新理论、新技术和新工艺，研究开发新材料和新设备。
（2）废水处理及其资源化理论与技术：主要研究废水处理领域的原理、新型高效低耗废水处理技术与工艺，研究新型废水资源化技术及其处理工艺。
（3）城市固体废弃物处理及其资源化：主要研究水处理污泥的处理原理、方法及综合利用技术，研究工业及市政固体废物处理及其在建筑材料领域的综合利用技术方法和原理。本专业培养能够适应科学进步及社会发展的需要，有严谨的科研作风，良好的合作精神和较强的交流能力，具备市政工程学科领域坚实的基础理论、系统的专门知识和熟练的专业技能，熟悉市政工程及其相关领域的科学技术发展现状和趋势，具备独立完成科学研究任务和解决工程实际技术问题的能力的高级专门人才。
市政工程硕士二级学科拥有以山东省教学名师、学校特聘岗位教授和博士（后）为学术带头人的学术梯队和硕士研究生导师队伍，目前承担着国家水专项、国家自然科学基金、省自然科学基金、省博士基金等纵向科研项目及多项横向科研项目，科研经费充足。本学科设有给排水专业实验室、水力学实验室、微生物实验室、精密仪器实验室、水处理技术室等教学科研机构，已装备水处理系统试验设备、原子吸收分光光度计、高效气相色谱、高速离心机、微生物培养及观察设备、多参数水质分析仪、紫外/可见分光光度计、程序升温炉、显微电泳系统、COD测定仪、BOD测定仪等大型实验、分析、测试设备，具备良好的教学科研条件和研究生培养能力。近年来发表五十余篇高水平论文，多篇论文被SCI、EI、ISTP检索，完成的科研项目多次获获国家及省（部）级奖励。