江西农业大学马克思主义学院溯源于原江西共产主义劳动大学总校1959年成立的社会科学系，以后历经多次变更。1994年，江西农业大学马列部与基础课部外语教研室、职业师范学院中文教研组以及思政室合并成立人文社会科学系。2001年外语专业整体分出，人文社会科学系更名为人文与公共管理学院，学院下设“三部四系”：政治理论课教学部、形势与政策课教学部、研究生课程教学部，管理系、中文系、法学系、音乐系。2006年，成立思想政治理论教学部并与人文与公共管理学院合署办公。2007年开始招收 “科技哲学”、“马克思主义基本原理”、“思想政治教育”三个硕士学位点研究生。2008年，又增加开设了高等学校教师在职攻读硕士学位“思想政治教育”专业。
2011年3月，为贯彻落实中共中央宣传部、教育部《关于进一步加强高等学校思想政治理论课教师队伍建设的意见》和教育部《关于印发<高等学校思想政治理论课建设标准（暂行）>的通知》等要求，进一步加强和改进大学生思想政治教育工作，不断提高学科建设和人才培养水平，撤销与人文与公共管理学院合署办公的思想政治理论教学部，成立马克思主义学院（政治学院），与人文与公共管理学院分离，独立为正处级建制。马克思主义学院现设四个教研室，即原理基础教研室、概论纲要教研室、形势与政策教研室和研究生教研室。