环境工程专业创办于1998年，同年取得硕士学位授予权，2004年取得工程领域硕士培养资格，2010年获得环境科学与工程一级学科硕士学位授予权。环境科学与工程一级硕士点下设2个二级硕士点，分别为环境工程和环境科学。
研究方向：
1．矿山生态环境污染机理与评价：运用环境生态学、环境评价学、系统工程学、数学建模与计算机模拟等学科理论与技术手段，以有色金属、稀土等矿区水、土界面的重金属、稀土元素等污染物为研究对象，研究揭示其在水、土、植物等的迁移、扩散、转化、归趋等机理及特征，评价其环境累积效应、环境风险、生态安全等生态环境问题，提出科学可行的防治对策与措施。
2．矿山生态恢复理论与技术：环境生态学、资源科学、恢复生态学、系统科学等多学科交叉，以露天采场及矿山废弃物堆场的土壤改良与生态修复、尾矿库生态重建等为目标，特别针对赣南地区稀土矿区环境，研究环境效应物抗性植物的发掘、鉴定、筛选及在生态环境修复中的应用，并开展抗性植物对环境效应物富集、转化、分解、稳定的生理及分子机理研究，在分子水平探索抗性植物环境修复功能的定向遗传改良。
3．环境规划与管理：以系统科学、环境生态学、环境规划学、数学建模等学科理论与技术为手段，以区域社会经济与环境可持续发展为目标，研究区域生态环境承载力及其表征、区域社会经济发展的生态环境响应机制、区域生态环境评价与规划、区域可持续发展等科学问题。
培养目标：
通过系统的专业基础理论课程训练和大量的科学研究实践锻炼，培养具有扎实的专业基础知识及通过科学研究解决实际问题能力；能够应用现代科学理论与方法、实验技术及手段、计算机技术等，具备独立从事一般环境科学基础研究的能力。学位获得者应具有良好的科学素质，能胜任高等院校、科研单位、设计部门以及国家、地方政府部门的教学、科研和管理等工作。
核心课程：
现代仪器分析与测试、环境学原理、恢复生态学、区域环境规划理论与方法、生态毒理学、环境地球化学、环境信息系统、环境生物技术、污染控制技术与方法、高等环境微生物学、稀土矿山修复、稀土配位化学、稀土元素化学等。