土木工程与建筑系创办于1981年，在30年的办学历程中，培养了大批土木界和建筑界的精英建设人才。目前木土工程与建筑系设有土木工程、工程管理、建筑学和工程力学等四个本科专业(其中工程力学专业为福建省唯一设置的特色专业)，担负起培养福建省和海西建设工程领域创新性应用型高级专门人才的重任。系部专任教师都是从国内外名校引进，专任教师中副教授以上职称占35.6%，具硕博士学历的教师占80.6%，拥有海外留学经历的教师占10%。绝大多数专任教师具有国家一、二级注册建筑师、国家一、二级注册结构工程师、注册造价师和注册建造师等职业执业资格证书。师资队伍除具有扎实的专业基础理论知识外，还都具有丰富的专业实践经验和知识和实际工程应用能力，是一只强有力的“双师”型教师队伍。系部师资结构、学缘结构、年龄结构配置合理，学术思想活跃。近几年来，在权威和核心期刊等各类期刊上发表学术论文数百篇，获国家级、省部级、厅局级等科研项目、专利和奖励多项。
土木工程与建筑系坚持一切以学生为本，以本科教学为中心，以科研和工程实践促教学的发展思路。在教学过程中特别注重实践性和应用型教学环节，结合工程实际项目、科研项目和社会科技服务项目的实践，致力于提高学生的工程应用能力、实践创新能力和综合素质。着力构建特色鲜明、配置合理、先进实用的创新实践平台和实验教学体系。土木工程与建筑系实验室总建筑面积近5000平方米，各类教学实验仪器设备总值超2000万元；其中力学中心、土工实验中心以及建筑技术实验室是中央财政与地方共建实验室；结构实验室拥有千吨压力机、500吨压剪机、100吨拟动力作动系统等先进的试验设备；建筑工程检测中心实验室拥有含检测雷达、GPS测量系统、莱卡全站仪等先进仪器设备；工程结构优化与仿真研究中心拥有小型机、顶级配置工作站10多台，配备ANSYS、ABQUS、Midas等有限元分析软件。为培养本系动手能力好、创新能力强、应用型的优秀本科人才奠定了基础。
土木工程与建筑系非常重视学生的精英培养和高端发展，制定相关制度和措施支持和激励学生考研、考公务员和出国深造。近两年来考上公务员和研究生的学生数量节节攀升，大部分学生考上了同济大学、东南大学、湖南大学、厦门大学、重庆大学、福州大学等国内土木建筑名校的研究生。不少学生被欧美名校录取出国攻读研究生学位。
土木工程与建筑系致力于走“政产学研”合作办学之道。与厦门市建筑科学研究院合作成立了建筑检测和节能技术中心。与广联达软件集团、厦门海迈软件、上海华龙科技有限公司等单位共建实验室和培训基地，与厦门市造价站、厦门市工程监理协会、福建省第十八重工有限公司、福建省九龙建设集团、厦门中联建设集团、厦门象屿工程管理咨询公司等建立长期合作办学、技术研发、共建实验室、共建实习实践基地等全方位合作关系，共同培养实践性、应用型的亲产业创新型高级专门人才。
土木工程与建筑系下设建筑设计院、土木工程咨询与检测中心、建筑检测和节能技术中心以及建筑经济与项目管理研究所等实体机构，保证了在满足教学科研任务的同时，又为学生提供了良好的实践和实习平台，近年来完成了多个工程项目的设计和工程管理、检测和咨询工作，学生积极参与工程实践，取得了良好的社会效用和经济效益。
土木工程与建筑系重视学生各方面全面发展，鼓励和大力支持学生参加各种学科竞赛。近年来，在全国大学生结构设计竞赛、全国大学生英语竞赛、全国大学生数学建模大赛、福建省大学生结构设计竞赛、全国广联达算量大赛等重要学科竞赛中，多次获得特等、一等、二等或三等奖。特别是在2010年福建省第三届大学生结构设计竞赛中一举包揽本次竞赛的前三名，均获得一等奖。于2010年天津大学举行的全国第三届工程算量大赛中以第一名的成绩荣获全国唯一特等奖、总冠军。更是在2010年哈尔滨举办的全国第四届大学生结构设计竞赛中以总分第二名的成绩荣获一等奖，创福建省在教育部九大重要学科竞赛中的最好成绩。
土木工程与建筑系重视与国内外、港澳台知名大学的交流与合作，目前已经或者正致力于和湖南大学、加拿大里贾纳大学、英国READING大学、台湾铭传大学、台湾淡江大学、台湾朝阳科技大学、香港城市大学等高校建立校际合作与交流关系。聘请国外知名教授给本科生承担纯英文或者双语型课程教学，聘请国内外著名教授和工程界的著名专家为客座教授，定期为本系师生举办讲座，开阔视野，以扩大学生们的知识面。