体育科学学院，简称“体科院”，英文名称为“School of Physical Education and Sport Science”。体育科学学院是福建省历史最悠久的体育院系。1941年（民国30年），福建省政府因抗日战争而内迁永安,将原设在永安上吉山的“福建省中等学校师资养成所”扩办为“福建省立师范专科学校”，并设立“体育与童子军科”，这就是体育科学学院的前身。
随着学校的搬迁，“体育与童子军科”于1943年迁至南平，于1945年迁至福州乌石山。1949年8月，福州解放，福州军管会文教委员会接管省立师范专科学校，“体育与童子军科”改名为“体育卫生学系”。1950年9月，省立师专更名为“福建省立师范学院”。1953年9月，经全国高等院校院系调整，“福建师范学院”成立，院址设在仓山，体育卫生学系随之迁至仓山公园路，1955年8月再迁至长安山下。1957年，根据高教部的通知，体育卫生学系更名为“体育系”。
1966年“文化大革命”开始后，学校停办。1972年福建师范学院复办并改名为“福建师范大学”，体育系的建制同时恢复。
1984年，根据原国家教育委员会《高等学校体育工作条例》，公共体育教研室从体育系分离，成立由分管校长直接领导的“公共体育部”（后更名为大学体育教研部）。
2001年6月，体育系和大学体育教研部合并，成立体育科学学院。