福建医科大学药学系成立于2000年3月，现有专职教职工50人，兼职教师14人，其中正教授6人，副教授（或相当专业技术职务）13人。学系下设4个教研室、1个研究所、3个实验室。药学系药理学学科是我校重点学科，也是我校首批（1983年）硕士学位授权点学科专业之一。
药学是医药卫生事业的重要组成部分，药学人才对提高医疗质量、加强医药行业建设起着非常重要的作用。我省药学专业人才尤其是高级人才比较缺乏，与我省社会和经济发展极不相称，我校开办的药学本科专业教育具有广阔的发展前景和积极的社会意义。我校一直十分重视药学教育，早在1990年就开办了药学专科专业。近几年相继建立了卫生部临床药理基地、临床药理研究所、蛇毒研究所，3所综合性附属医院已具有相当规模的药剂科，这些都为我校办好药学本科专业提供了有利的基础和条件。
药学系目前在校学生有73人，其中1999级新高职23人、2000级本科生50人。2001年秋季拟计划招收本科生50人、新高职学生48人、函授生60人。药学系培养的学生将面向医院、药厂、医药公司、药检所等各个行业。
今后药学系将重点加强有关临床药理学、生物制药、药品经济学等课程建设，以适应社会发展需求；将通过引进和有计划选送培养各类人才，建设一支更为优秀的师资队伍；同时将加强科学研究，搞好“产、学、研”结合，推进我省医药事业发展。