集美大学水产学院的前身是上海水产学院。1972年上海水产学院南迁厦门集美学村成立厦门水产学院。1994年10月，集美学村在原有五所高校的基础上合并成立集美大学，厦门水产学院更名为集美大学水产学院。
集美大学水产学院现有水产养殖、动物科学、海洋渔业科学与技术3个本科专业和一个水产养殖学硕士点，并于2002年开始和中科院武汉水产研究所联合培养博士生、硕士生。学院师资力量雄厚，共有专任教师53人，其中教授9人，副教授22人，讲师16人；具有博士学位的教师17人，硕士学位17人；在职攻读博士学位的教师16人，留学人员20多人。学院拥有水产基础实验室、水产综合实验室、水产养殖试验场和7个校外产学研共建基地，实验室现有仪器设备总价值1000多万人民币。
学院与集美大学水产生物技术研究所合一管理，设有水产生物技术与遗传育种、水产生物增养殖、水产生物病害防治、水产动物营养与饲料、水产生物资源与环境等五个学科。近年来，学院承担国家863计划项目、国家自然科学基金、省部及市级等科研项目50多项，获得多次省部级科技进步奖，在国内外多种学术刊物发表学术论文300多篇。