理学院现有数学与应用数学、信息与计算科学、应用物理学、光信息科学与技术、地理信息系统以及资源环境与城乡规划管理六个本科专业和一个数学一级学科硕士点，在校本科学生1400多人。其办学历史可追溯到1918年爱国华侨陈嘉庚先生创办的集美师范学校，迄今已为国家培养了近万名数学、物理和地理学科的高级专门人才。
学院现有教职员工156人，其中专任教师123人、实验技术人员16人、教授20人（其中二级教授4人、三级教授7人）、副教授41人、高级实验师2人；具有硕士学位以上教师104人，其中博士37人, 在读博士9人；享受国务院政府特殊津贴专家3人，全国师德先进个人1人，省级有突出贡献优秀中青年专家，师德标兵、优秀教师和三育人先进个人5人，福建省“五一”劳动奖章获得者1人，厦门市劳模2人，省级与校级教学名师、教学和科研特聘岗10人；博士生导师2人，硕士生导师11人。
学院下设综合办公室、数学系、物理系、地理信息系统教研室、物理实验中心等教学行政单位，以及数学与系统科学研究所、复杂系统研究中心、影像信息工程技术研究中心、城市与区域发展研究所等研究机构。
学院始终弘扬嘉庚精神、秉承“诚毅”校训，认真贯彻学校办学指导思想，积极开展教学研究，精心打造精品课程，努力创建特色学科，取得了丰硕的研究成果。先后荣获国家级教学成果奖二等奖一项、福建省教学成果奖一等奖一项，“高等数学”和“大学物理”为福建省精品课程，“高等代数”为福建省精品立项课程，“应用数学”为校级重点学科。
近年来，学院承担了国家973重大项目、中科院创新工程项目、国家自然科学基金项目、福建省高校服务海西重点项目、福建省高校优秀人才支持计划项目、福建省自然科学基金项目、福建省青年创新基金项目等科研课题80多项，已在《Information Sciences》、《Physical Review Letter》、《Journat of Combinatoriat Theory ser.A》、《Fuzzy Sets and Systems》、《Proc. Amer. Math. Soc.》、《中国科学》、《数学学报》、等国内外近百种学术刊物上发表论文600多篇，其中已被国际权威检索刊物《SCI》、《EI》和《ISTP》收录200多篇，荣获福建省科学技术一等奖1项，各种级别的优秀学术论文奖100多篇。学科建设与科研经费达到2000多万元。
学院具有省内高校一流的实践教学条件，已建成全省先进水平的32节点高性能计算机集群系统机房、信息与计算科学专业机房、地理信息系统实验室，影像信息工程技术实验室以及40个稳定的校内外实习基地与学生科技创新基地。由中央财政、福建省教育厅与集美大学投入1000多万元建设的物理实验中心被评为首批“福建省实验教学示范中心”。
学院与国内外著名高校、研究机构和高新技术企业建立了良好的合作关系。美国杜克大学（Duke University）已向我院图书室捐赠了数万美元的外文原版科技图书；美国国际模糊数学研究院（IFMI）已在我院设立了亚洲惟一的审稿机构“《The Journal of Fuzzy Mathematics》集美大学审稿中心”；厦门市四美达科技发展有限公司、厦门市罗普特科技有限公司、福建微软技术有限公司分别与学院建立了“校企产学研合作办学”，为学院培养具有创新精神和实践能力以及高新技术企业急需的应用型人才提供了优越的教学环境。